首先，两种疾病的病原体不同，流感由流感病毒引起，流感病毒包括甲型、乙型和丙型三种；普通感冒可由多种病原体引起，一般人在受凉、过度疲劳后，因抵抗力下降时易发病。
其次，两种疾病临床表现不同，与流感相比，普通感冒表现为打喷嚏、流鼻涕等上呼吸道症状，全身症状较轻，不发热或仅有低热；流感表现全身症状较重，突然畏寒、发热、头痛、全身酸痛、鼻塞、流涕、干咳、胸痛、恶心、食欲不振，婴幼儿或老年人可能并发肺炎或心力衰竭。
第三，流感与普通感冒的传染性不同，流感病毒存在于病人呼吸道，病人咳嗽、打喷嚏时经飞沫传染给别人，流感传染性很强，这种病毒容易变异，即使是患过流感的人，当下次再遇上流感流行，仍然会感染。普通感冒较流感传染性要弱得多，往往个别出现。
